从宝库出来后，小凡发现手下多人死于鱼人手里。于是，下南疆调查真相。潜入焚香谷，在玄火坛三层解救了九尾天狐小白。在天水寨，小凡再一次与雪琪相遇， 在师门正道和爱情中苦苦挣扎的陆雪琪，十年来常在小竹峰后山中夜幕下舞剑，这一次欲做后一次舞剑，与小凡斩断情丝。剑虽舞完，情丝却无法斩断，陆雪琪伤心 而去。小凡与小白前往南疆七里峒寻找救醒碧瑶的方法，被卷入南疆部族纷争，小凡最终找到金族大巫师，可大巫师却在施法的关键时刻身死，碧瑶也因此未能复活 成功，鬼王为此三日白头。而后，兽神重生。万毒门在毒神死后，发生了内乱，秦无炎当上了掌门，可是，马上又被兽妖灭门，鬼王宗用计让大量普通教众与合欢派 共同对抗兽妖，全部阵亡，合欢派灭门，鬼王宗则保存了实力。金瓶儿侥幸逃脱，后投入了鬼王宗。
之后，陆雪琪因拒绝焚香谷李洵的提亲，被罚在望月台思过，小凡感应到而前往望月台，路中有缘偶遇兽神，小灰亦与饕餮(兽神身边的灵兽)结为好友，小凡希望在死之前见她一面。小凡见到雪琪，要雪琪跟他一起走，却因雪琪一句：“那碧瑶呢?”而作罢。
青云山之战，道玄用诛仙剑重创兽神，小凡被鬼先生引入青云后山，要进入幻月洞府一探究竟。碰到了守在祖师祠堂的万剑一，在万剑一和小凡的打斗中，鬼先生 偷袭万剑一，导致万剑一身死，林惊羽发现万剑一遇害，质问小凡，小凡没有辩解，于是兄弟反目成仇。之后，诛仙剑飞回幻月洞府，小凡痛恨这把害死碧瑶的诛仙 剑，用噬魂将其击断。可是，诛仙剑也如噬血珠一般，会吸血，小凡因被其反噬精血，身受重伤，在危难之时幸得天音普泓救助，在天音寺见到了坐化的普智，面对 这个当年屠杀自己全村的凶手，小凡终究原谅了他，并在天音寺的无字玉壁上习得天书第4卷。
后在镇魔古洞，小凡和雪琪并肩携手共同抗敌，九死一生。借助玄火鉴，消灭了兽神，后二人落在了南疆无名山崖上。劫后重生的他们在如华的月光下不管明天，轻轻拥抱。
而在此之后，被诛仙剑反噬入魔的道玄控制了田不易，在小凡与道玄的打斗当中，道玄利用自己手中控制的田不易重伤了对恩师毫无防备的小凡，陆雪琪为救小凡 杀死了田不易。而后，小凡带着田不易的尸身回到大竹峰，师娘苏茹看到丈夫离去也因此而殉情。短时间内经历师父和师娘的双双突然离逝，令小凡对人生感到迷 茫，但与周一仙的一番交谈后，让小凡有所感悟。
为了救碧瑶，小凡于天音寺借得乾坤轮回盘，不料却被鬼先生和鬼王用于发动四灵(即夔牛，烛龙， 黄鸟和饕餮)血阵，导致狐岐山崩塌，碧瑶肉身与合欢铃消失，小凡只于巨石之下找到一块绿色衣角。小凡知道后悲伤下失魂落魄，被小白救出，带往草庙村。在陆 雪琪的照顾和小白的痛心责骂下，小凡慢慢恢复神智，在昏迷中醒过来后，小凡身心已放开，明白到自己需要做的是什么。
此时，鬼王得到四灵血阵的 修罗之力进逼青云，小凡受到诛仙剑的召唤，来到幻月洞府，在那里他见到了入魔之后的道玄。关键时刻，万剑一出现于小凡与道玄身前，他点化了道玄，并告诉小 凡，他才是诛仙剑的真正主人。而诛仙剑就是传说中的第五卷天书。小凡握起诛仙剑终于明白了一切，最终他发动诛仙剑阵将鬼王击败，拯救了天下苍生。
时光悠悠，不知一转眼又是多少光阴流逝，陆雪琪接任了小竹峰首座之位，这一日，她来到了那座曾经魂牵梦系的草庙村废墟，而在那里她也再次见到了阔别许久的小凡，两人相视而笑，一阵轻风吹过，屋檐下的铃铛迎风而响，绿色的衣角轻轻飘起，仿佛也带着几分笑意;清脆的铃声，随着风儿飘然而上，回荡在天地之间。 诛仙的故事也到此完结了。
